Najraniji kontakt dviju zemalja bio je putem trgovaca i istraživača. Kasnije sredinom 1800-ih nekoliko je američkih predstavnika otputovalo u Japan kako bi pregovaralo o trgovinskim sporazumima, uključujući komodora Matthewa Perryja iz 1852. godine koji je pregovarao o prvi trgovinski ugovor i the Konvencija Kanagawa. Isto tako, japanska delegacija došla je u SAD 1860. godine u nadi da će jačati diplomatske i trgovinske odnose dviju zemalja.
Drugi Svjetski rat vidjeli zemlje kako se međusobno kopaju nakon što su Japanci bombardirali američku mornaričku bazu u Pearl Harboru na Havajima 1941. godine. Rat je završio 1945. godine nakon što je Japan pretrpio ogromne uzroke atomsko bombardiranje Hiroshime i Nagasaki i vatreno bombardiranje Tokija.
14. kolovoza 1945. Japan se predao, što je dovelo do okupacije pobjedničkih savezničkih snaga. Nakon stjecanja kontrole nad Japanom, američki predsjednik Harry Truman imenovan generalom Douglas MacArthur kao vrhovni zapovjednik savezničkih sila u Japanu. Savezničke snage radile su na obnovi Japana, ali i na konsolidaciji političkog legitimiteta javno stajući na stranu cara Hirohita. Ovo je dopušteno
MacArthur raditi unutar političkog sustava. Do kraja 1945. u Japanu je otprilike 350 000 američkih vojnika radilo na raznim projektima.Pod savezničkim nadzorom, Japan je poduzeo izvanrednu transformaciju koju je karakterizirao eh novi ustav Japana koja je isticala demokratske principe, obrazovnu i ekonomsku reformu i demilitarizaciju koja je bila ugrađena u novi japanski ustav. Kako su se reforme odvijale, MacArthur je postupno prebacio političku kontrolu na Japance, što je kulminiralo ugovorom iz San Francisca iz 1952. godine, kojim je službeno okončana okupacija. Ovaj je okvir bio početak bliskog odnosa obje zemlje koji traje do danas.
Razdoblje nakon San Francisco ugovora karakterizira bliska suradnja obojice zemalja, a 47.000 američkih vojnih vojnika ostalo je u Japanu na poziv Japanaca vlada. Ekonomska suradnja također igra veliku ulogu u odnosima sa SAD-om koji su Japanu osigurali značajne iznose pomoći u poslijeratnim razdobljima jer je Japan postao saveznik u Hladni rat. Partnerstvo je rezultiralo ponovnim uspostavljanjem japanske ekonomije koja je i dalje jedno od najjačih gospodarstava u regiji.