Katastrofalne poplave na Žuta rijeka oprali usjeve, utopili mještane i promijenili tok rijeke tako da se više nije susretala s Velikim kanalom. Gladni preživjeli ove katastrofe počeli su misliti da su njihovi etnički-mongolski vladari, Dinastija Yuan, izgubila Nebeski mandat. Kad su ti isti vladari prisilili 150 000 do 200 000 svojih kineskih podanika da se potrude za masovnu radničku grupu kako bi još jednom iskopali kanal i pridružili ga rijeci, radnici su se pobunili. Ovaj ustanak, nazvan pobunom Crvenog Turbana, nagovijestio je početak kraja za vladavinu Mongola nad Kinom.
Prvi vođa Crvenih turbana Han Shantong regrutovao je svoje sljedbenike iz prisilnih radnika koji su 1351. iskopavali korito kanala. Hanov djed bio je vođa sekte Bijeli lotos, što je pružalo vjerske osnove za pobunu Crvenog turbana. Vlasti dinastije Yuan ubrzo su uhvatile i pogubile Han Shantonga, ali njegov sin je zauzeo njegovo mjesto na čelu pobune. Obojica su Hans mogli igrati na glad svojih sljedbenika, jer su bili nezadovoljni što su bili prisiljeni na posao bez plaće za vladu i njihovu duboku nevoljkost da vladaju "barbari" iz Mongolija. Na sjeveru Kine, to je dovelo do eksplozije antivladine aktivnosti Crvenog turbana.
U međuvremenu, na jugu Kine počeo je drugi ustanak u Crvenom Turbanu pod vodstvom Xu Shouhuija. Imao je slične pritužbe i ciljeve kao i oni na sjevernim Crvenim turbanima, ali ta dva nisu bila nikakva koordinacija.
Iako su se seljački vojnici izvorno poistovjećivali s bijelom bojom (iz Društva bijelih lotosa), ubrzo su prešli na mnogo sretniju crvenu boju. Da bi se identificirali, nosili su crvene trake za glavu ili hong jin, što je ustanku dalo zajedničko ime kao "pobuna crvenih turbana". Oružane improviziranim oružjem i poljoprivrednim alatima, nisu smjele predstavljati stvarnu prijetnju mongolskim vojskama središnje vlade, ali dinastija Yuan je bila u previranja.
U početku je sposobni zapovjednik zvan Glavni savjetnik Toghto bio u stanju sastaviti djelotvornu silu od 100.000 carskih vojnika koji su svršili sjeverne Crvene turbane. Uspio je 1352. godine, usmjerivši Haninu vojsku. Crveni Turbani su 1354. godine još jednom krenuli u ofenzivu, presjekavši Veliki kanal. Toghto je okupio silu koja je tradicionalno brojala milijun, mada je to bez sumnje grubo pretjerivanje. Tek što se počeo kretati protiv Crvenih turbana, dvorske intrige rezultirale su odbacivanjem Toghta. Njegovi su ogorčeni časnici i mnogi vojnici napustili protest u znak protesta zbog uklanjanja, a juanski sud nikada nije mogao pronaći drugog učinkovitog generala koji bi vodio napore protiv Crvenog turbana.
Tijekom kasnih 1350-ih i početka 1360-ih, lokalni čelnici Crvenih turbana borili su se među sobom za kontrolu vojnika i teritorija. Potrošili su toliko energije jedni za druge da je yuanska vlada jedno vrijeme ostavila u relativnom miru. Izgledalo je kao da se pobuna može srušiti pod težinom ambicija različitih ratnih vojskovođa.
Međutim, sin Han Shantong umro je 1366; neki povjesničari vjeruju da ga je njegov general Zhu Yuanzhang utopio. Iako su trebale još dvije godine, Zhu je vodio svoju seljačku vojsku da zauzme mongolsku prijestolnicu u Daduu (Peking) 1368. godine. Dinastija Yuan je pala, a Zhu je uspostavio novu, etnički hanu kineski dinastija nazvana Ming.