TBE i TAE koriste se kao puferi u molekularnoj biologiji, prije svega za elektroforeza nukleinskih kiselina. Tris puferi se koriste u malo bazičnim pH vrijednostima, kao i za elektroforezu DNA, jer se na taj način zadržava DNK topiv u otopini i deprotoniran tako da će ga privući pozitivna elektroda i migrirat će se kroz a gel. EDTA sastojak je u otopini jer je ovo uobičajeno helatno sredstvo štiti nukleinske kiseline od razgradnje enzimima. EDTA helira dvovalentne katione koji su kofaktori za nukleaze koje mogu kontaminirati uzorak. Međutim, budući da je magnezijev kation kofaktor DNK polimeraze i restrikcijskih enzima, koncentracija EDTA se održava namjerno niskom (koncentracija oko 1 mM).
Otopinu ne trebate sterilizirati. Iako se oborine mogu pojaviti nakon dužeg vremena, osnovna otopina je i dalje upotrebljiva. Možete prilagoditi pH pomoću pH metra i dodavanjem koncentriranog u kapima klorovodična kiselina (HCl). U redu je skladištiti TBE pufer na sobnoj temperaturi, iako možda želite filtrirati osnovnu otopinu kroz filter od 0,22 mikrona da biste uklonili čestice koje bi mogle potaknuti oborine.
Korištenje 5X ili 10X osnovnog rješenja slučajno će vam dati loše rezultate jer će se proizvesti što više topline. Osim što vam daje lošu razlučivost, uzorak se može oštetiti.
Iako su TBE i TAE uobičajeni međuspremnici elektroforeze, postoje druge opcije za vodljive otopine niske molarnosti, uključujući litijev boratni pufer i pufer natrijevog borata. Problem sa TBE i TAE je u tome što puferi koji se temelje na Trisu ograničavaju električno polje koje se može koristiti u elektroforezi jer previše naboja uzrokuje otjecanje temperature.