Kad je u pitanju zapis o fosilima, New York je nacrtao kratki kraj štapa: Empire State bogata je malim beskralješnjacima koji žive u ranim vremenima Paleozojska eraprije stotine milijuna godina, ali daje virtualnu prazninu kada je u pitanju dinosauri i megafaunski sisavci. (Možete kriviti njujorški relativni nedostatak sedimenata nakupljenih tijekom mezozoika i kenozojski Eras.) Ipak, to ne znači da je New York bio u potpunosti lišen prapovijesnog života, neke zapažene primjere možete pronaći na sljedećim slajdovima. (Vidi popis dinosaura i pretpovijesnih životinja otkriven u svakoj američkoj državi.)
Prije nešto više od 400 milijuna godina, tijekom silurski razdoblje, veći dio Sjeverne Amerike, uključujući i saveznu državu New York, bio je potopljen pod vodom. Službeni fosil države New Yorka, Eurypterus je bio vrsta morskog beskralješnjaka poznatog kao morski škorpion i bio je jedan od najstrašnijih podmorskih predatora prije evolucije prapovijesnih morskih pasa i divovski morski gmazovi
. Neki su primjerci Eurypterusa narastali na gotovo četiri metra, udubljujući pritom primitivne ribe i beskralješnjake za kojima su plijenili.Nije dobro poznata činjenica, ali su razne tragovi dinosaura otkriveni su u blizini grada Blauvelta, u njujorškoj okrugu Rockland (nedaleko od New Yorka). Ovi zapisi datiraju do kasnog razdoblja trijas razdoblje, prije oko 200 milijuna godina, i uključuju neke dokaze za mučenje rovarskih čopora Coelophysis (dinosaur najpoznatiji po prevalenciji u dalekom Novom Meksiku). Dok čekaju konačne dokaze da je te otiske stopala stvarno položila Coelophysis, paleontolozi ih radije pripisuju "ikonogenu" zvanom Grallator.
Godine 1866., tijekom izgradnje mlina u pokrajinskom New Yorku, radnici su otkrili gotovo kompletne ostatke pet tona Američki Mastodon. "Kohoes Mastodon", kako je postalo poznato, svjedoči o činjenici da su ovi divovi prapovijesni slonovi lutao je prostranstvom New Yorka gromoglasnim stadima, prije gotovo 50 000 godina (nesumnjivo zajedno sa svojim bliskim suvremenicima ledeno doba epoha, the Vuneni mamut).
Kao i mnoge druge države na istoku Sjedinjenih Država, New York je bio relativno tečan, geološki gledano, sve do kasne pleistocenske epohe - kada su ga prolazile sve vrste megafaunski sisavci, u rasponu od mamuta i mastodona (vidi prethodne dijapozitive) do egzotičnih rodova kao što su Divovski kratki medvjed i the Giant Beaver. Na žalost, većina ovih sisavaca veličine plus krajem prošlog ledenog doba izumrla je, podlegnuvši kombinaciji ljudske grabežljivosti i klimatskih promjena.