Cilia i flagella imaju jezgru sastavljenu od mikrotubula koje su povezane na membrana plazme i raspoređeni u onome što je poznato kao 9 + 2 uzorak. Uzorak je tako nazvan jer se sastoji od prstena od devet skupova uparenih mikrotubula (dupli) koji okružuju dvije jednine mikrotubule. Ovaj paket mikrotubula u rasporedu 9 + 2 naziva se an axoneme. Baza cilija i flagela povezana je sa stanicom modificiranim centriol zvane strukture bazalna tijela. Kretanje nastaje kada se devet uparenih kompleta mikrotubula aksonema pomiče jedan protiv drugoga, uzrokujući savijanje cilija i flagela. Dinein motornog proteina odgovoran je za stvaranje sile potrebne za kretanje. Ovakav oblik organizacije nalazimo u većini eukariotskih cilija i flagela.
Primarna funkcija cilija i flagela je kretanje. Oni su sredstvo kojim se mnogi mikroskopski jednoćelijski i višećelijski organizmi kreću s mjesta. Mnogi od ovih organizama nalaze se u vodenom okruženju, gdje ih pokreće udaranje cilija ili bičevima sličnim bičevima.
protisti i bakterija, Na primjer, koristite ove strukture da biste se pomaknuli prema nekom stimulansu (hrana, svjetlost), daleko od stimulusa (toksin) ili da biste održali njihov položaj na općem mjestu. U višim organizmima cilija se često koristi za pokretanje tvari u željenom smjeru. Neke cilije, međutim, ne funkcioniraju u pokretu, već u osjetanju. Primarna cilija, pronađena u nekima organi i plovila, mogu osjetiti promjene u uvjetima okoline. Stanice obloge zidova krvne žile primjer ove funkcije. Primarni cilija u endotelnim stanicama krvnih žila nadzire silu krv teče kroz žile.I cilija i flagella nalaze se u brojnim vrste stanica. Na primjer, the sperma od mnogih životinje, alge, pa čak i paprati imaju flagele. Prokariotski organizmi također mogu posjedovati jedan ždrijel ili više. Bakterija, na primjer, može imati: jedan flagellum smješten na jednom kraju stanice (montrichous), jedan ili više flagela smještenih na oba kraja ćelija (amfritrična), nekoliko flagela na jednom kraju ćelije (lofotrično) ili bičevi raspoređeni po cijeloj ćeliji (Peritrichous). Cilia se može naći na područjima kao što su dišni put i ženskog reproduktivnog trakta. U respiratornom traktu, cilija pomaže pri čišćenju sluzi koja sadrži prašinu, mikrobe, peludi ostale nečistoće udaljene od prolaza pluća. U ženskom reproduktivnom traktu, cilija pomaže pomesti spermu u smjeru maternice.