Mnogi spojevi pročišćeni su kristalizacijom iz vodene otopine. Kristal isključuje mnoga onečišćenja, međutim, voda se može uklopiti u kristalnu rešetku, a da nije kemijski vezana za kation spoja. Primjenom topline može se istjerati ova voda, ali postupak obično oštećuje kristalnu strukturu. To je u redu, ako je cilj dobiti čisti spoj. Može biti nepoželjno pri uzgoju kristala za kristalografiju ili u druge svrhe.
Ponekad se dva oblika kombiniraju. Na primjer, [Cu (H2O)4]TAKO4· H2O se može koristiti za opisivanje vode kristalizacije bakrenog (II) sulfata.
Voda je mala, polarna molekula koja se lako ugrađuje u kristalne rešetke, ali nije jedino otapalo koje se nalazi u kristalima. U stvari, većina otapala ostaje, u većoj ili manjoj mjeri, u kristalu. Čest primjer je benzen. Kako bi umanjili učinak otapala, kemičari obično pokušavaju ukloniti što je više moguće vakuum ekstrakcijom i mogu zagrijati uzorak da otjera zaostalo otapalo. Rendgenska kristalografija može često otkriti otapalo unutar kristala.