Španjolski konkvistadori dosegli su otoke Filipini 1521. godine. Oni su zemlju nazvali po Kralj Filip II Španjolske 1543. godine, pritiskajući da kolonizira arhipelag unatoč takvim zastojima kao što je smrt 1521 Ferdinand Magellan, ubijene u bitci trupa Lapu-Lapua na otoku Mactan.
Od 1565. do 1821. godine viceprvaci Nove Španjolske vladali su Filipinima od Mexico Cityja. Meksiko je 1821. postao neovisan, a španjolska vlada u Madridu preuzela je izravnu kontrolu nad Filipinima.
Tijekom razdoblja između 1821. i 1900. godine, filipinski nacionalizam ukorijenio se i prerastao u aktivnu antiimperijalnu revoluciju. Kad su SAD porazile Španjolsku u Španjolsko-američki rat od 1898. Filipini nisu stekli neovisnost, već su umjesto toga postali američki posjed. Kao rezultat toga, gerilski rat protiv stranog imperijalizma jednostavno je promijenio cilj svoje bijesa iz španjolske u američku.
Tri ključna vođa nadahnula su ili vodila pokret za neovisnost Filipina. Prva dvojica - Jose Rizal i Andres Bonifacio - dali bi za život svoje mlade živote. Treći, Emilio Aguinaldo, ne samo da je preživio da bi postao prvi predsjednik Filipina, već je i živio u svojoj sredini 90-ih.
Jose Rizal bio je sjajan i više talentiran čovjek. Bio je liječnik, romanopisac i osnivač La liga, miroljubiva antikolonijalna skupina za pritisak koja se sastala samo jednom 1892. godine prije nego što su španjolske vlasti uhitile Rizal.
Jose Rizal nadahnuo je svoje sljedbenike, uključujući i vatrenog pobunjenika Andresa Bonifacija, koji je prisustvovao tom jedinstvenom originalnom sastanku u La Ligi i ponovno uspostavio skupinu nakon Rizalinog uhićenja. Bonifacio i dvojica suradnika također su pokušali spasiti Rizal s španjolskog broda u luci Manila u ljeto 1896. godine. Do prosinca, međutim, 35-godišnjem Rizalu suđeno je u sramotnom vojnom sudu i pogubio ga španjolski streljački odred.
Andres Bonifacio, iz osiromašene obitelji niže srednje klase u Manili, pridružio se Joseu Rizalu miroljubiva skupina La lige, ali je također vjerovala da su Španjolci morali biti istjerani s Filipina sila. Osnovao je pobunjeničku skupinu Katipunan, koja je 1896. proglasila neovisnost od Španjolske i opkolila Manilu gerilskim borcima.
Bonifacio je bio presudan u organiziranju i pojačavanju protivljenja španjolskoj vlasti. Proglasio se predsjednikom novoovisnih Filipina, iako njegovu tvrdnju nije priznala nijedna druga država. U stvari, čak su i drugi filipinski pobunjenici osporavali Bonifacijevo pravo na predsjedništvo, budući da mladi vođa nije imao sveučilišnu diplomu.
Samo godinu dana nakon što je pokret Katipunan započeo svoj pobunu, Andresa Bonifacija u 34. godini života pogubio je njegov kolega pobunjenik Emilio Aguinaldo.
Obitelj Emilio Aguinaldo bila je relativno bogata i držala je političku moć u gradu Cavite, na uskom poluotoku koji izlazi u zaljev Manila. Aguinaldova relativno privilegirana situacija pružila mu je priliku da se stekne dobro obrazovanje, baš kao što je to činio i Jose Rizal.
Aguinaldo se pridružio pokretu Katipunana Andresa Bonifacija 1894. i postao general za područje Cavite kad je 1896. izbio otvoreni rat. Imao je bolji vojni uspjeh od Bonifacija i gledao je na samoimenovanog predsjednika zbog nedostatka obrazovanja.
Ova napetost je došla do izražaja kada je Aguinaldo namještao izbore i sebe proglasio predsjednikom umjesto Bonifacija. Krajem iste godine Aguinaldo bi nakon sramnog suđenja pogubio Bonifacija.
Aguinaldo je otišao u egzil krajem 1897. godine, nakon što se predao Španjolcima, ali je vraćen u bolnicu Filipini američke snage 1898. pridružile su se borbi koja je srušila Španjolsku nakon gotovo četiri stoljeća. Aguinaldo je prepoznat kao prvi predsjednik neovisne Republike Filipini, ali bio je prisiljen natrag u planine kao vođa pobunjenika još jednom kad je izbio Filipino-američki rat 1901.