Na izborima 1800. nije bilo službenih kandidata za potpredsjednika. Prema američkom Ustavu, birači su napravili dva izbora za predsjednika i tko je dobio najviše glasova, postao je predsjednik. Osoba koja je dobila najviše glasova postala je potpredsjednica. To bi se promijenilo donošenjem 12. amandmana.
Iako nije bio službeni kandidat za potpredsjednika, Thomas Jefferson kandidovao se s Aaronom Burrom kao njegovim vodećim suigračem. Njihova je "ulaznica" dobila najviše glasova i odluka tko će biti predsjednik data je biračima. John Adams bio je uparen s Pinckneyjem ili s Jayom. Međutim, prema podacima Nacionalnog arhiva, nije se vodila službena evidencija o broju popularnih glasova.
Između Thomasa Jeffersona i Aarona Burra uslijedilo je izborno glasanje sa 73 glasa. Zbog toga je Zastupnički dom morao odlučiti tko će biti predsjednik, a tko potpredsjednik. Zbog intenzivne kampanje od strane Alexander Hamilton, Thomas Jefferson je izabran preko Aarona Burra nakon 35 glasačkih listića. Hamiltonovi postupci bili bi jedan od čimbenika koji su doveli do njegove smrti u duelu s Burrom 1804. godine.