Općenito Ulysses Grant's nadmoćne pobjede u utvrdama Henry i Donelson u veljači 1862. uzrokovale su povlačenje konfederacijskih snaga ne samo iz države Kentucky, već i iz većine zapadnog Tennesseeja. Brigadni general Albert Sidney Johnston smjestio je svoje snage, brojeve od 45 000 vojnika, u i oko Korinta, u Mississippiju. Ova je lokacija bila važno prometno središte, jer je bila spoj na željeznici Mobile & Ohio i Memphis & Charleston, često nazivanom "raskrižje Konfederacije'.
General Johnston umire tijekom napada napada
Do travnja 1862., Vojska Tennesseeja general bojnika Granta narasla je na gotovo 49 000 vojnika. Trebao im je odmor, pa je Grant napravio kamp na zapadnoj strani rijeke Tennessee u Pittsburg Landingu, dok je čekao ponovnu snagu, a također je obučavao vojnike koji nisu imali borbeno iskustvo. Grant je također planirao s brigadnim generalom Williamom T. Sherman zbog njihovog napada na konfederacijsku vojsku u Corintu u Mississippiju. Nadalje, Grant je čekao dolazak Ohajske vojske kojom je zapovijedao general bojnik don Carlos Buell.
Umjesto da sjedi i čeka u Korintu, general Johnston je premjestio svoje konfederacijske trupe u blizini Pitsburg Landinga. Ujutro 6. travnja 1862. Johnston je izveo iznenadni napad na Grantovu vojsku gurajući im leđa protiv rijeke Tennessee. Oko 14.15 sati toga dana Johnstona su ustrijelili iza desnog koljena i umro u roku od sat vremena. Prije smrti, Johnston je poslao svog osobnog liječnika na liječenje ranjenih vojnika Unije. Nagađa se da Johnston nije osjetio ozljedu desnog koljena zbog ukočenosti od a rana u zdjelici koju je pretrpio dvoboj koji se borio tijekom rata u Teksasu za neovisnost u 1837.
Grantov kontranapad
Konfederacijske snage sada je vodio general Pierre G.T. Beauregard. Iako se vjerovalo da su Grantove snage ranjive, Beauregard je donio ono što bi se pokazalo nepromišljenom odlukom da prestane s ratovanjem u sumrak prvog dana.
Te večeri, general bojnik Buell i njegovih 18 000 vojnika napokon su stigli u Grantov kamp nedaleko od Pittsburškog slijetanja. Ujutro je Grant izvršio protunapad protiv snaga Konfederacije što je rezultiralo velikom pobjedom vojske Unije. Pored toga, Grant i Sherman sklopili su blisko prijateljstvo na bojnom polju u Shilohu, s kojim su ostali oni su ih tijekom građanskog rata i vjerojatno doveli do konačne pobjede Unije na kraju ovoga sukob.
Bitka kod Shiloha
Bitka kod Shiloha je vjerojatno jedna od najznačajnijih bitaka građanskog rata. Osim što je izgubila bitku, Konfederacija je pretrpjela gubitak koji ih je mogao koštati rata - smrt brigadnog generala Alberta Sidneyja Johnstona koja se dogodila prvog dana bitke. Povijest je smatrala da je general Johnston u vrijeme njegove smrti bio najsposobniji zapovjednik Konfederacije - Robert E. Lee u to vrijeme nije bio terenski zapovjednik - kao što je Johnston bio vojni časnik u karijeri s preko 30 godina aktivnog iskustva. Do kraja rata Johnston bi bio časnik najvišeg ranga ubijen s obje strane.
Bitka kod Shiloha bila je najsmrtonosnija bitka u američkoj povijesti do tada sa žrtvama koje su za obje strane premašile ukupno 23 000. Nakon bitke kod Shiloha, Grantu je bilo sasvim jasno da će jedini način poraza Konfederacije biti uništenje njihovih vojski.
Grant Excel unatoč svom alkoholizmu
Iako je Grant primio i pohvale i kritike zbog svojih postupaka koji su vodili do i tijekom bitke za Šiloh, bojnik General Henry Halleck smijenio je Granta iz zapovjedništva vojske Tennesseea i zapovjedništvo prenio na brigadnog generala George H. Thomas. Halleck je svoju odluku djelomično utemeljio na optužbama za alkoholizam Granta i promaknuo u Grant poziciju da bude drugi zapovjednik zapadnih armija, što je u suštini uklonilo Grant iz aktivnog polja zapovjednik. Grant je želio zapovijedati, a on je bio spreman podnijeti ostavku i otići dok ga Sherman nije uvjerio u suprotno.
Nakon Shiloha, Halleck je puž puzao do Korinta, u Mississippiju je trebalo 30 dana da pomakne svoju vojsku 19 milja i tijekom toga omogućio je cijeloj postrojbi Konfederacije smještenoj tamo samo da se udalji. Nepotrebno je reći da je Grant vraćen na položaj zapovjednika vojske Tennesseeja, a Halleck je postao glavni general Unije. To znači da se Halleck udaljio s fronte i postao birokrat čija je glavna odgovornost bila koordinacija svih snaga Unije na terenu. Ovo je bila ključna odluka, budući da se Halleck uspio istaknuti u ovom položaju i dobro surađivati s Grantom dok su se i dalje borili protiv Konfederacije.