Postoje mnoge vrste dokaza koji podupiru teoriju evolucije. Ovi se dokazi kreću u rasponu od minutne molekularne razine sličnosti DNK pa sve do sličnosti unutar anatomske strukture organizama. Kada Charles Darwin prvo predložio svoju ideju o prirodni odabir, koristio je uglavnom dokaze temeljene na anatomske značajke organizama koje je proučavao.
Dva su različita načina na koje se ove sličnosti u anatomskim strukturama mogu klasificirati je bilo jedno analogne strukture ili homologne strukture. Iako obje ove kategorije imaju veze sa načinom na koji se koriste i strukturiraju slični dijelovi tijela različitih organizama, samo je jedna zapravo pokazatelj zajedničkog pretka negdje u prošlosti.
Analogija
Analogija, ili analogna struktura, zapravo je ona koja ne upućuje na postojanje nedavnog zajedničkog pretka između dva organizma. Iako anatomske strukture koje se proučavaju izgledaju slično i možda čak obavljaju iste funkcije, one su zapravo proizvod konvergentna evolucija. To što oni izgledaju i djeluju ne znači da su povezani na drvetu života.
Konvergentna evolucija je kada dvije nepovezane vrste prolaze kroz nekoliko promjena i prilagodbi da bi postale sličnije. Obično, ovo dvoje vrsta žive u sličnoj klimi i okruženju u različitim dijelovima svijeta koji favoriziraju iste prilagodbe. Analogne značajke pomažu preživljavanju vrsta u okolišu.
Jedan primjer analognih struktura su krila slepih miševa, letećih insekata i ptica. Sva tri organizma koriste svoja krila za letenje, ali šišmiši su zapravo sisari i nisu povezani s pticama ili letećim insektima. Zapravo su ptice više povezane s dinosaurima nego šišmišima ili letećim insektima. Ptice, leteći insekti i šišmiši svi su se prilagodili svojim nišama u svom okruženju razvijajući krila. Međutim, njihova krila ne ukazuju na bliski evolucijski odnos.
Drugi primjer su peraje morskog psa i dupina. Morski psi su svrstani u obitelj riba, a dupini sisavci. Međutim, obojica žive u sličnom okruženju u oceanu gdje su peraje povoljne prilagodbe za životinje koje trebaju plivati i kretati se u vodi. Ako se nađu na drvetu života dovoljno natrag, na kraju će za njih dvoje biti zajednički predak, ali ne bi smatra se nedavnim uobičajenim predakom i zato se peraje morskog psa i dupina smatraju analognim strukturama.
homologija
Druga klasifikacija sličnih anatomskih građevina naziva se homologija. U homologiji su homologne strukture u stvari evoluirale od nedavnog zajedničkog pretka. Organizmi sa odgovarajući strukture su međusobno bliže drvetu života nego one s analognim strukturama.
Međutim, oni su još uvijek usko povezani s nedavnim zajedničkim pretkom i najvjerojatnije su podvrgnuti divergentna evolucija.
Divergentna evolucija je ona u kojoj blisko povezane vrste postaju manje slične strukture i funkcije zbog prilagodbi koje dobivaju tijekom procesa prirodne selekcije. Migracije u nove klime, natjecanje za niše s drugim vrstama, pa čak i mikroevolucijskim promjenama poput Mutacije DNA može doprinijeti različitoj evoluciji.
Primjer homologije je repna kost u ljudi s repovima mačaka i pasa. Dok je naša kockica ili potkoljenica postala a vestigijska struktura, mačke i psi još uvijek imaju netaknute repove. Možda više nemamo vidljiv rep, ali struktura kokciksa i potporne kosti vrlo su slični potkoljenicama naših kućnih ljubimaca.
Biljke također mogu imati homologiju. Oštri bodlji na kaktusu, a lišće na hrastu izgleda vrlo različito, ali zapravo su homologne strukture. Čak imaju vrlo različite funkcije. Iako su bodlje kaktusa prvenstveno radi zaštite i sprečavanja gubitka vode u svom vrućem i suhom okruženju, hrast nema te prilagodbe. Obje strukture, međutim, doprinose fotosintezi njihovih biljaka, tako da nisu izgubljene sve funkcije najnovijih uobičajenih predaka. Često organizmi s homolognim strukturama zapravo izgledaju vrlo različito jedan od drugog u usporedbi s tim koliko neke vrste s analognim strukturama izgledaju jedna drugoj.