Kako je život na Zemlji počeo prolaziti evolucija i postaju složeniji, jednostavniji vrsta ćelije nazvanog prokariotom podvrgnut je nekoliko promjena tijekom dugog vremenskog perioda da bi postale eukariotske stanice. Eukarioti su složeniji i imaju mnogo više dijelova od prokariota. Trebalo je nekoliko mutacije i preživjeli prirodni odabir da se eukarioti evoluiraju i postanu prevladavaju.
Znanstvenici vjeruju da je put od prokariota do eukariota rezultat malih promjena u strukturi i funkciji tijekom vrlo dugog razdoblja. Logično je napredovanje promjena da te stanice postanu složenije. Nakon što su eukariotske stanice nastale, tada su mogle započeti formirati kolonije i na kraju višećelijske organizme sa specijaliziranim stanicama.
Većina jednostaničnih organizama ima staničnu stijenku oko svojih plazma membrana kako bi ih zaštitila od opasnosti po okoliš. Mnogi prokarioti, poput određenih vrsta bakterija, također su inkapsulirani drugim zaštitnim slojem koji im također omogućava da se lijepe na površine. Većina prokariotskih fosila iz
Pretkambrijsko vremensko razdoblje su bacili ili šipkasto oblikovani, s vrlo čvrstom staničnom stijenkom koja okružuje prokariote.Dok neke eukariotske stanice, poput biljnih stanica, još uvijek imaju stanične stijenke, mnoge to nemaju. To znači da je neko vrijeme tijekom evolucijske povijesti Zag prokariota, stanične stijenke potrebne da nestanu ili barem postanu fleksibilnije. Fleksibilna vanjska granica na ćeliji omogućava joj da se više širi. Eukarioti su mnogo veći od primitivnijih prokariotskih stanica.
Fleksibilne granice ćelija također se mogu savijati i savijati da bi se stvorila veća površina. Stanica s većom površinom efikasnija je u razmjeni hranjivih tvari i otpada sa okolinom. Korist je unošenje ili uklanjanje posebno velikih čestica pomoću endocitoze ili egzocitoze.
Strukturni proteini unutar eukariotske ćelije zajedno se stvaraju u sustavu poznat kao citoskelet. Dok se pojam "kostur" općenito dovodi u obzir nešto što stvara oblik predmeta, citoskelet ima mnoge druge važne funkcije unutar eukariotske stanice. Mikrofilamenti, mikrotubule i međupredna vlakna pomažu ne samo u održavanju oblika stanice, već se i široko koriste u eukariotskim mitoza, kretanje hranjivih sastojaka i bjelančevina i sidrenje organela na mjestu.
Tijekom mitoze mikrotubule tvore vreteno koje vuče vreteno kromosomi razdvaja ih i ravnomjerno raspoređuje na dvije stanice kćeri koje nastaju nakon što se stanica podijeli. Ovaj se dio citoskeleta pričvršćuje na sestrinske kromatide u centromere i razdvaja ih ravnomjerno, tako da je svaka rezultirajuća stanica točna kopija i sadrži sve gene koji su joj potrebni za preživljavanje.
Mikrofilamenti također pomažu mikrotubule u premještanju hranjivih tvari i otpadaka, kao i tek napravljenih proteina u različitim dijelovima stanice. Međupredna vlakna održavaju organele i ostale dijelove stanica na mjestu usidravajući ih tamo gdje trebaju biti. Citoskelet također može tvoriti flagele za kretanje stanice okolo.
Iako su eukarioti jedine vrste stanica koje imaju citoskelete, prokariotske stanice imaju bjelančevine po svojoj strukturi vrlo bliske onima koje se koriste za stvaranje citoskeleta. Vjeruje se da su ovi primitivniji proteini prošli kroz nekoliko mutacija zbog kojih su se oni udružili i tvore različite dijelove citoskeleta.
Najčešća identifikacija eukariotske stanice je prisustvo jezgre. Glavni posao jezgre je smještaj kuće DNA, ili genetskih informacija, o stanici. U prokariotu se upravo DNK nalazi u citoplazmi, obično u obliku jednog prstena. Eukarioti imaju DNK unutar nuklearne ovojnice koja je organizirana u nekoliko kromosoma.
Nakon što je stanica evoluirala fleksibilnu vanjsku granicu koja se mogla savijati i savijati, vjeruje se da je DNK prsten prokariota pronađen blizu te granice. Kako se savijala i savijala, okružila ga je DNK i stisnula se u nuklearnu ovojnicu koja okružuje jezgru u kojoj je sada zaštićena DNK.
Vremenom se DNK u obliku prstena evoluirao u čvrsto ranjenu strukturu koju danas nazivamo kromosomom. Bila je to povoljna prilagodba, tako da se DNK ne miješa ili neravnomjerno dijeli za vrijeme mitoze ili mejoze. Kromosomi se mogu odmotati ili namotati ovisno o stupnju staničnog ciklusa.
Sada kada se jezgro pojavilo, razvijali su se i drugi sustavi unutarnjih membrana poput endoplazmatskog retikuluma i Golgijeva aparata. ribosoma, koja je u prokariote bila samo slobodno plutajuće sorte, sada su se usidrili na dijelovima endoplazmatskog retikuluma kako bi pomogli u sakupljanju i kretanju proteina.
S većom stanicom dolazi do potrebe za više hranjivih tvari i proizvodnjom više proteina transkripcijom i prevodom. Uz ove pozitivne promjene dolazi i problem više otpada unutar ćelije. Zadržavanje zahtjeva za uklanjanjem otpada bio je sljedeći korak u razvoju moderne eukariotske stanice.
Granica fleksibilne ćelije stvorila je sve vrste nabora i mogla se otcijepiti kako bi stvorila vakuole za unošenje čestica u ćeliju i van nje. Također je napravila nešto poput držanje ćelije za proizvode i otpada koje je stanica napravila. Tijekom vremena, neke od ovih vakuola bile su u stanju zadržati probavni enzim koji bi mogao uništiti stare ili ozlijeđene ribosome, nepravilne bjelančevine ili druge vrste otpada.
Većina dijelova eukariotske stanice načinjena je unutar jedne prokariotske stanice i nije zahtijevala interakcija drugih pojedinih stanica. Međutim, eukarioti imaju nekoliko vrlo specijaliziranih organela za koje se smatralo da su svoje vlastite prokariotske stanice. Primitivne eukariotske stanice imale su sposobnost gutanja stvari endocitozom, a neke od stvari koje su mogle progutati izgledaju kao manji prokarioti.
Poznat i kao Endosimbiotska teorija, Lynn Margulis predložio je da mitohondrija, ili dio stanice koji stvara upotrebljivu energiju, nekada bio prokariot koji primiti, ali nije probavio, primitivni eukariot. Osim što su činili energiju, prvi mitohondriji vjerojatno su pomogli stanici da preživi noviji oblik atmosfere koji je sad uključivao kisik.
Neki eukarioti mogu proći fotosintezu. Ti eukarioti imaju posebnu organelu koja se naziva kloroplast. Postoje dokazi da je kloroplast bio prokariot sličan plavozelenoj algi koja je bila zahvaćena poput mitohondrija. Jednom kada je bio dio eukariota, eukariot je sada mogao proizvesti vlastitu hranu koristeći sunčevu svjetlost.