Među brojnim izborima, ovih je pet mrlja najčešćih, počevši od etil-bromida, koji se najčešće koristi. U radu s ovim postupkom važno je ne samo znati razlike između mrlja, već i povezane zdravstvene rizike.
Etidijev bromid vjerojatno je najpoznatija boja koja se koristi za vizualizaciju DNK. Može se koristiti u smjesi gela, puferu za elektroforezu ili obojati gel nakon što se provede.
Molekule boje pridržavaju se DNA pramenova i fluoresciraju pod UV svjetlošću, pokazujući vam točno gdje se zavoji nalaze unutar gela. Unatoč svojoj prednosti, nedostatak je što je etidij bromid potencijalni kancerogen, pa se s njim treba postupati s velikom pažnjom.
SYBR Zlatna boja može se koristiti za bojenje dvolančane ili jednolančane DNK ili za bojenje RNA. SYBR Gold našao se na tržištu kao jedna od prvih alternativa etidijevom bromidu i smatra se osjetljivijim.
Budući da je fluorescencija nevezane molekule tako niska, odmašćivanje nije potrebno. Molekularne sonde za vlasnike licenci su također (od lansiranja SYBR Gold) razvile i plasirale SYBR Safe i SYBR Green koji su sigurnije alternative etidijevom bromidu.
SYBR Zelene I i II mrlje (opet na tržištu Molekularne sonde) optimizirane su za različite svrhe. Budući da se vežu na DNK, i dalje se smatraju potencijalnim mutagenima i zbog toga treba s njima postupati pažljivo.
SYBR Green I je više osjetljiv za uporabu s dvolančanom DNK, dok je s druge strane SYBR Green II najbolje za upotrebu s jednolančanom DNA ili RNA. Kao i popularne mrlje od etidijum bromida, i ove vrlo osjetljive mrlje fluoresciraju pod UV svjetlom.
Oba proizvoda SYBR Green I i II proizvođač preporučuje za upotrebu s "254 nm epi-osvjetljenjem Polaroid 667 crno i bijeli film i fotografski filter za mrlju zelenog gela SYBR zelenog gela "za postizanje otkrivanja 100 pg RNA ili jednolančane DNK po bend.
SYBR Safe dizajniran je kao sigurnija alternativa Etidium Bromidu i drugim SYBR mrljama. Ne smatra se opasnim otpadom i obično se može odlagati kroz redovne kanalizacijske sustave (tj. Niz odvod), jer ispitivanja toksičnosti pokazuju da nema akutne toksičnosti.
Ispitivanje također ukazuje malo je ili nema genotoksičnosti na stanicama sirijskog embriona hrčaka (SHE), ljudskim limfocitima, stanicama mišjih limfoma ili je primijećeno u AMES testu. Mrlja se može koristiti s transiluminatorom plavog svjetla koji uzrokuje manju štetu na vizualizaciji DNK i nudi bolju učinkovitost za kasnije kloniranje.
Dobar je izbor i ako za obnavljanje DNK koristite gelove s niskom talištem. Vrlo je stabilan na visokim temperaturama i sam po sebi ima vrlo nisku fluorescenciju, ali je vrlo fluorescentan kada je vezan na DNK. Za Eva Green je također pokazano da ima vrlo malu ili nikakvu citotoksičnost ili mutagenost.