Mikroevolucija se temelji na promjenama na molekularnoj razini koje uzrokuju promjene vrsta s vremenom. Te promjene mogu biti mutacije u DNKili mogu biti pogreške koje se događaju tijekom mitoza ili mejoza u odnosu na kromosomi. Ako se kromosomi ne podijele pravilno, mogu doći do mutacija koje utječu na cjelokupnu genetsku strukturu stanica.
Tijekom mitoze i mejoze, vreteno izlazi iz centriola i pričvršćuje se na kromosome u centromeru tijekom faze koja se naziva metafaza. Sljedeća faza, anafaza, pronalazi sestrinske kromatide koje centromer drži zajedno razdvojenim na suprotnim krajevima stanice vretenom. Na kraju će one sestrinske kromatide, koje su genetski identične jedna drugoj, završiti u različitim stanicama.
Budući da su sestrinske kromatide točne kopije međusobno, ako se ne razdvoje na sredini, neki se geni umnožavaju na kromosomu. Kako se sestrinske kromatide povlače u različite stanice, stanica s umnoženim genima stvorit će više proteina i prekomjerno izraziti osobinu. Druga gameta koja nema taj gen može biti kobna.
Ako se napravi greška tijekom mejoze zbog koje se dio kromosoma raspada i izgubi, to se naziva brisanjem. Ako se brisanje događa unutar gena koji je od vitalnog značaja za opstanak jedinke, to može uzrokovati ozbiljne probleme, pa čak i smrt zigoti napravljenoj iz te gamete. Inače, dio kromosoma koji se gubi ne uzrokuje smrt smrt za potomstvo. Ova vrsta brisanja mijenja dostupne osobine u genetski bazen. Ponekad su prilagodbe povoljne i postat će pozitivno odabrane tijekom prirodne selekcije. Drugi put, ove brisanja zapravo čine potomstvo slabijim i umrijet će prije nego što se mogu razmnožavati i prenijeti novi gen postavljen na sljedeću generaciju.
Kad se komad kromosoma odvoji, on se ne izgubi uvijek u potpunosti. Katkad se komad kromosoma pričvrsti na drugo,homologni kromosom koji je također izgubio komad. Ova vrsta mutacije kromosoma naziva se translokacija. Iako gen nije potpuno izgubljen, ova mutacija može uzrokovati ozbiljne probleme ako su geni kodirani na pogrešnom kromosomu. Nekim su svojstvima potrebni geni u blizini kako bi potaknuli njihovu ekspresiju. Ako su na pogrešnom kromosomu, onda nemaju te pomoćne gene da ih pokrenu i neće se izražavati. Također, moguće je da gen nije ekspresioniran ili inhibiran od strane obližnjih gena. Nakon translokacije, ti inhibitori možda neće moći zaustaviti ekspresiju i gen će se prepisati i prevesti. Opet, ovisno o genu, to može biti pozitivna ili negativna promjena za vrstu.
Druga opcija za komad kromosoma koji je odlomljen naziva se inverzija. Tijekom inverzije, komad kromosoma se okreće i postaje pričvršćen na ostatak kromosoma, ali naglavačke. Ako se geni ne moraju regulirati drugim genima izravnim kontaktom, inverzije nisu toliko ozbiljne i često održavaju kromosom ispravnim funkcioniranjem. Ako nema utjecaja na vrstu, inverzija se smatra tihom mutacijom.