Molekularni spojevi sadrže dvije ili više nemetala (a ne amonijev ion). Obično možete prepoznati molekularni spoj jer je prvi element u nazivu spoja nemetal. Neki molekularni spojevi sadrže vodik, međutim, ako vidite spoj koji započinje s "H", možete pretpostaviti da je to kiselina, a ne molekulski spoj. Spojevi koji se sastoje samo od ugljika s vodikom nazivaju se ugljikovodici. Ugljikovodici imaju svoju posebnu nomenklaturu, pa su tretirani drugačije od ostalih molekularnih spojeva.
Nemetali se mogu kombinirati u različitim omjerima, pa je važno da ime molekularnog spoja ukazuje koliko atoma svake vrste elemenata ima u spoju. To se postiže prefiksima. Ako postoji samo jedan atom prvog elementa, ne koristi se prefiks. Uobičajeno je prefiksirati ime jednog atoma drugog elementa mono-. Na primjer, CO je nazvan ugljični monoksid, a ne ugljični oksid.
Formulu za kovalentni spoj iz njegovog imena možete napisati tako da napišete simbole za prvi i drugi element i prefiks prevedete u pretplate. Na primjer, ksenonski heksafluorid napisao bi se XF
6. Studenti često imaju problema s pisanjem formula iz naziva spojeva, jer se ionski spojevi, a kovalentni spojevi često zbunjuju. Ne uravnotežujete naboje kovalentnih spojeva; ako spoj ne sadrži metal, nemojte pokušati to uravnotežiti!