U mesncencephalonu se nalazi niz građevina, uključujući tektum, tegmentum, cerebralni stabljiku, substantia nigra, crvenu cerebri i kranijalni živci (okulomotor i trohlear). tectum sastoji se od zaobljenih izbočina zvanih kolikuli koji su uključeni u procese vida i sluha. cerebralni peduncle je snop živčanih vlakana koji spajaju prednji mozak i stražnji mozak. Cerebralni stabljika uključuje tegementum (tvori bazu srednjeg mozga) i crte cerebri (živčani trakt koji povezuje veliki mozak s cerebelum). substantia nigra ima živčane veze s frontalni režnjevi i druga područja mozga koja su uključena u motoričke funkcije. Stanice u substantia nigra proizvode i dopamin, kemijski glasnik koji pomaže u koordinaciji mišić pokret.
Neurodegeneracija nervne ćelije u substantia nigra rezultira padom proizvodnje dopamina. Značajan gubitak razine dopamina (60-80%) može rezultirati razvojem Parkinsonove bolesti. Parkinsonova bolest je a živčani sustav poremećaj koji rezultira gubitkom motoričke kontrole i koordinacije. Simptomi uključuju drhtanje, sporost pokreta, krutost mišića i probleme s ravnotežom.