U nekim regijama, poput južne Indije, hinduistička kraljevstva su se zadržala i čak odgurnula od plima muslimana. Potkontinent se također suočio s napadima poznatih srednjoazijskih osvajača Džingis-kan, koji nije bio musliman, i Timur ili Tamerlane, tko je bio.
To je razdoblje bilo prethodnica Mughal ere (1526. - 1857.). Mogalsko carstvo osnovao ga je Babur, muslimanski princ porijeklom iz Uzbekistana. Pri kasnijim mugulima, posebno Akbar Veliki, muslimanski carevi i njihovi hinduistički podanici postigli su neviđeno razumijevanje i stvorili lijepu i cvjetajuću multikulturalnu, multietničku i vjersko različitu državu.
1206. bivši mameluci rob po imenu Qutbubuddin Aibak osvojio je sjevernu Indiju i osnovao kraljevstvo. Nazvao je sebe sultanom Delhija. Aibak je bio srednjoazijski turski govornik, kao i osnivači tri od sljedeća četiri Delhijeva sultanata. Ukupno pet dinastija muslimanskih sultana vladalo je većim dijelom sjeverne Indije do 1526., kada Babur sišao iz Afganistana da bi osnovao dinastiju Mughal.
1221. sultan Jalal ad-Din Mingburnu pobjegao je iz svog glavnog grada u Samarkand, Uzbekistan. Njegovo Khwarezmid Carstvo je palo na napredne vojske Džingis-kana, a njegov otac je ubijen, pa je novi sultan pobjegao na jug i istok u Indiju. Na rijeci Indu u sadašnjem Pakistanu, Mongoli su uhvatili Mingburnu i njegovih 50 000 preostalih trupa. Mongolska vojska bila je jaka samo 30 000, ali je prikovala Perzijance uz obalu rijeke i desetkovala ih. Možda je lako sutirati sultana, ali odluka oca da ubije mongolske izaslanike bila je neposredna iskra koja je krenuo u osvajanje mongolskih osvajanja središnje Azije i šire.
Dinastija Chola na jugu Indije imala je jedan od najdužih ciklusa bilo koje dinastije u ljudskoj povijesti. Osnovan neko vrijeme 300-ih godina prije Krista, trajao je do 1250. godine prije Krista. Ne postoji niti jedna odlučna bitka; naprotiv, susjedno Pandijsko carstvo jednostavno je dobivalo snagu i utjecaj do te mjere da je zasjenilo i postepeno ugasilo drevnu Chola političnost. Ta su hinduistička kraljevstva bila dovoljno južno da izbjegnu utjecaj muslimanskih osvajača koji silaze iz srednje Azije.
Godine 1290. pala je dinastija Mamluk u Delhiju, a na njegovo mjesto je nastala dinastija Khilji koja je postala druga od pet obitelji koja je vladala Delhijskim sultanom. Dinastija Khilji bila je na vlasti samo do 1320.
Tijekom svoje kratke, 30-godišnje vladavine, dinastija Khilji uspješno je odbacila niz upada iz mongolskog carstva. Posljednja, odlučna bitka koja je završila mongolskim pokušajima zauzimanja Indije bila je bitka kod Jalandhara u 1298., u kojoj je hiljijska vojska poklala oko 20 000 Mongola i otjerala preživjele iz Indije za dobro.
1320. godine, nova obitelj mješovite turske i indijske krvi preuzela je kontrolu nad Delhijskim Sultanatom, počevši razdoblje dinastije Tughlaq. Osnovao ga Ghazi Malik, dinastija Tughlaq proširila se na jug preko Dekanske visoravni i prvi put osvojila veći dio južne Indije. Međutim, ovi teritorijalni dobici nisu dugo trajali. Do 1335. godine, Delhijski Sultanat ponovo se smanjio u svoje naviklo područje na sjeveru Indije.
Zanimljivo je da je poznati marokanski putnik Ibn Battuta služio kao a Qadi ili islamski sudac na dvoru Ghazi Malik, koji je zauzeo prijestolje ime Ghyasuddin Tughlaq. Nije bio nimalo impresioniran novim vladom Indije, slaveći se protiv različitih mučenja korištenih protiv ljudi koji nisu platili porez, uključujući iscrpljene oči ili topljenje olova grla. Ibn Battuta je bio posebno zaprepašten što su ove strahote počinjene nad muslimanima, kao i nevjernicima.
Kako je snaga Tughlaka brzo nestala u južnoj Indiji, novo hinduističko carstvo požurilo je da napuni vakuum snage. Carstvom Vijayanagara vladalo bi više od tristo godina od Karnatake. Donijelo je neviđeno jedinstvo južnoj Indiji, temeljeno uglavnom na hinduističkoj solidarnosti suočena s uočenom muslimanskom prijetnjom prema sjeveru.
Iako su Vijayanagara uspjeli ujediniti veći dio južne Indije, ubrzo su izgubili plodnu visoravan Deccan koji se proteže preko struka potkontinenta do novog muslimanskog sultanata. Bahmanski Sultanat osnovao je turski pobunjenik protiv Tughlaqa pod nazivom Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. Rječio je Deccan dalje od Vijayanagara, a njegov sultanat ostao je jak više od jednog stoljeća. U 1480-im, međutim, Bahmanski sultanat zapao je u strmi pad. Do 1512. godine odvojilo se pet manjih sultanata. Petnaest godina kasnije, centralne Bahmanske države više nije bilo. U bezbrojnim bitkama i sukobima, male su države nasljednice uspjele odbiti potpuni poraz Vijajanagarskog carstva. Međutim, 1686. nemilosrdni car Aurengzeb od Mudžala pokorio je posljednje ostatke Bahmanskog sultanata.
Madurajski Sultanat, također poznat kao Ma'barski Sultanat, bila je još jedna regija pod vlašću Turaka koja se oslobodila Delhijskog Sultanata. Sa sjedištem daleko na jugu Tamil Nadu, Madurajski Sultanat trajao je samo 48 godina prije nego što ga je osvojilo Vijayanagara Kraljevstvo.
Četrnaesto stoljeće zapadnog kalendara završilo je u krvi i kaosu za dinastiju Tughlaq iz Delhijskog sultanata. Krvožedni osvajač Timur, poznat i pod nazivom Tamerlane, napao je sjevernu Indiju i počeo osvajati gradove Tughlaqa jedan po jedan. Građani u pogođenim gradovima bili su masakrirani, dok su im odsečene glave bile gomilane u piramide. U prosincu 1398. godine Timur je zauzeo Delhi, opljačkajući grad i klao njegove stanovnike. Tughlaci su se na vlasti držali do 1414. godine, ali se njihov glavni grad nije oporavio od terora nad Timurom više od jednog stoljeća.