Joseph Eggleston Johnston rođen je 3. veljače 1807, u blizini Farmville-a, VA. Sin suca Petera Johnstona i njegove žene Mary, imenovan je za majora Josepha Egglestona, zapovjednika njegovog oca za vrijeme Američka revolucija. Johnston je također bio u vezi s guvernerom Patrickom Henryjem kroz obitelj njegove majke. 1811. preselio se s obitelji u Abingdon blizu granice s Tennesseejem na jugozapadu Virginije.
Lokalno obrazovan, Johnston je prihvaćen u West Point 1825. nakon što ga je imenovao ratni sekretar John C. Calhoun. Pripadnik iste klase kao Robert E. zavjetrina, bio je dobar student, a diplomirao je 1829. zauzeo je 13 od 46 godina. Naređen kao drugi poručnik, Johnston dobio je zadatak u 4. američkoj artiljeriji. U ožujku 1837. godine napustio je vojsku kako bi počeo studirati građevinarstvo.
Karijera Antebellum
Kasnije te godine, Johnston se pridružio geodetskoj ekspediciji na Floridi kao civilni topografski inženjer. Pod vodstvom poručnika Williama Pope McArthura, grupa je stigla tijekom
Drugi seminološki rat. Dana 18. siječnja 1838. godine napali su ih Seminoli dok su bili na kopnu u Jupiteru, FL. U borbama je Johnstonu ispalo meso u vlasištu, a McArthur ranjen u noge. Kasnije je tvrdio da u njegovoj odjeći ima "ne manje od 30 rupa od metaka". Nakon incidenta, Johnston je odlučio ponovno se pridružiti američkoj vojsci i otputovao u Washington, DC, ovog travnja. 7. srpnja imenovan je za prvog poručnika topografskih inženjera, odmah je pozvan za kapetana zbog svojih akcija na Jupiteru.Godine 1841. Johnston se preselio na jug kako bi sudjelovao u izmjeri granice s Teksasom i Meksikom. Četiri godine kasnije oženio se Lydijom Mulligan Sims McLane, kćeri Louisa McLanea, predsjednika željezničke pruge Baltimore i Ohio i istaknutog bivšeg političara. Iako se oženio do svoje smrti 1887., par nikada nije imao djece. Godinu dana nakon vjenčanja s Johnstonom, pozvan je u akciju s izbijanjem Meksičko-američki rat. Posluživanje sa General bojnik Winfield ScottArmije je 1847. sudjelovao u kampanji protiv Mexico Cityja. U početku bio je Scottov štab, kasnije je služio kao drugi zapovjednik pukovnije lake pješaštva. Dok je bio u ovoj ulozi, zaradio je pohvale za svoj nastup za vrijeme Battles of Contreras i churubusco. Tijekom kampanje, Johnston je dva puta piven zbog hrabrosti, dosegnuvši čin potpukovnika, kao i teško ranjen grožđem ustrijeljen u Bitka kod Cerro Gordo-a i ponovno je pogođen u Chapultepec.
Međuratne godine
Vraćajući se u Teksas nakon sukoba, Johnston je služio kao glavni topografski inženjer Departmana u Teksasu od 1848. do 1853. Za to vrijeme, počeo je pisati ratnom tajniku Jeffersonu Davisu niz pisama sa zahtjevom za prebacivanje natrag u aktivni puk i prepiru se zbog njegovih ratnih redova iz rata. Ti su zahtjevi u velikoj mjeri odbijeni iako je Davis imenovao potpukovnika novoosnovanog 1. američkog konjanika u Fort Leavenworthu, KS, 1855. godine. Posluživanje pod Pukovnik Edwin V. Sumner, sudjelovao je u kampanjama protiv Siouxa i pomogao zaustaviti krizu Krvavi Kansas. Naređen u Jefferson Barracks, MO, 1856., Johnston je sudjelovao u ekspedicijama za istraživanje granica Kanzasa.
Građanski rat
Nakon službe u Kaliforniji, Johnston je promaknut u brigadnog generala i zapovjednik američke vojske postao je 28. lipnja 1860. godine. S početkom Građanski rat u travnju 1861. i otcjepljenju od njegove rodne Virdžinije, Johnston je dao ostavku od američke vojske. Najviši časnik koji je napuštao američku vojsku zbog Konfederacije, Johnston je u početku imenovan majorom general u miliciji Virginia prije nego što je u svibnju prihvatio povjerenstvo kao brigadni general u Konfederacijskoj vojsci 14. Otpremljen u Harper's Ferry, preuzeo je zapovjedništvo nad trupama koje su se okupljale pod zapovjedništvom Pukovnik Thomas Jackson.
Nazvana vojskom Shenandoaha, Johnstonova je zapovijed tog srpnja jurnula na istok u pomoć Brigadni general P.G.T. Beauregardvojske Potomaka za vrijeme Prva bitka za vođenje bikova. Dolaskom na teren, Johnstonovi ljudi pomogli su okrenuti borbu i osigurali pobjedu Konfederacije. Tjednima nakon bitke pomagao je u dizajniranju poznate bojne zastave Konfederacije prije nego što je u kolovozu dobio unapređenje generala. Iako je njegovo napredovanje zaostajalo za 4. srpnja, Johnstona je naljutilo što je mlađi od Samuela Coopera, Albert Sidney Johnston, i Lee.
Poluotok
Kao najviši časnik koji je napuštao američku vojsku, Johnston je čvrsto vjerovao da je trebao biti viši časnik u Konfederacijskoj vojsci. Prepirke s sadašnjim predsjednikom Konfederacije Jeffersonom Davisom u ovom su trenutku još više umanjile njihov odnos i njih dvojica su zapravo postali neprijatelji za ostatak sukoba. Postavljen u zapovjedništvo nad vojskom Potomaka (kasnija vojska Sjeverne Virdžinije), Johnston se u proljeće 1862. godine preselio na jug da se bavi General bojnik George McClellanKampanja poluotoka. Prvotno blokirajući snage Unije u Yorktown i borivši se kod Williamsburga, Johnston je započeo polako povlačenje na zapad.
Približavajući se Richmondu, bio je prisiljen zauzeti se i napao je vojsku Unije na Sedam borova 31. svibnja. Iako je zaustavio napredovanje McClellana, Johnston je teško ranjen u rame i prsa. Odvedeni u stražnji dio da se oporave, zapovjedništvo nad vojskom bilo je dato Leeju. Kritiziran zbog popuštanja pred Richmondom, Johnston je bio jedan od rijetkih koji su to odmah prepoznali Konfederaciji nedostajalo materijalne i radne snage Unije te je radio na zaštiti ove ograničene imovine. Kao rezultat toga, njegova se često predana zemlja nastojeći zaštititi svoju vojsku i pronaći povoljne položaje s kojih će se boriti.
Na zapadu
Oporavivši se od rana, Johnston je dobio zapovjedništvo nad Zapada. S ove je pozicije nadgledao postupke General Braxton Braggvojska Tennesseeja i General-potpukovnik John Pembertonzapovjedništvo u Vicksburgu. S General bojnik Ulysses S. Grant vodeći kampanju protiv Vicksburga, Johnston je poželio da se Pemberton ujedini s njim kako bi njihova združena snaga mogla poraziti vojsku Unije. To je blokirao Davis koji je želio da Pemberton ostane unutar obrane Vicksburga. Nedostajući muškarcima da izazovu Granta, Johnston je bio prisiljen evakuirati Jackson-a, MS koji je dozvolio da grad bude zauzet i spaljen.
S Grantom opkoljavajući Vicksburg, Johnston se vratio u Jacksona i radio na izgradnji sile pomoći. Polazeći početkom Vicksburga početkom srpnja, saznao je da je grad kapitulirao četvrtog srpnja. Kada se vratio u Jacksona, kasnije su ga tog mjeseca iz grada odvezli General bojnik William T. Sherman. Tog pada nakon poraza u Bitka kod Chattanooge, Bragg je zatražio olakšanje. Davis je nevoljko imenovao Johnstona zapovjednikom vojske Tennesseea u prosincu. Preuzimajući zapovjedništvo, Johnston se našao pod pritiskom Davisa da napadne Chattanooga, ali zbog nedostatka zaliha to nije mogao.
Kampanja Atlanta
Predviđajući da će se snage Shermanovog saveza u Chattanoogi na proljeće pomaknuti protiv Atlante, Johnston je izgradio jak obrambeni položaj u Daltonu, Ga. Kad je Sherman u svibnju počeo napredovati, izbjegao je izravne napade na obranu Konfederacije i umjesto toga započeo niz okretnih manevara koji su prisilili Johnstona da napusti položaj nakon položaja. Dajući prostora za vrijeme, Johnston je vodio niz malih bitaka na mjestima kao što su Resaca i Church New Hope. 27. lipnja uspio je zaustaviti veliki napad Unije na Planina Kennesaw, ali opet je vidio Shermana kako se kreće oko boka. Ogorčen opaženim nedostatkom agresije, Davis je 17. srpnja kontroverzno zamijenio Johnstona General John Bell Hood. Hiper-agresivan, Hood je više puta napao Shermana, ali je tog rujna izgubio Atlantu.
Završne kampanje
Pošto su konfederacijska bogatstva obilježila početkom 1865., Davis je izvršen pritisak da popularni Johnston dobije novu zapovijed. Imenovan je da vodi Departman za Južnu Karolinu, Džordžiju i Floridu, a također i Odjel za Sjever Karolina i Južna Virdžinija, posjedovao je nekoliko trupa s kojima bi mogao zaustaviti Shermanov napred prema sjeveru Savannah. Krajem ožujka Johnston je iznenadio dio Shermanove vojske u bitci kod Bentonvillea, ali na kraju je bio prisiljen povući se. Učenje od Lee se predaje u Appomattoxu 9. travnja Johnston je započeo razgovore o predaji sa Shermanom u Bennett Placeu, NC. Nakon opsežnih pregovora, 26. travnja Johnston je predao gotovo 90.000 vojnika u svojim odjelima. Nakon predaje, Sherman je gladovao muškarcima Johnstonu deset dana davanja obroka, što je zapovjednik Konfederacije nikada zaboravio.
Kasnije godine
Nakon rata, Johnston se nastanio u Savannah, GA i slijedio je razne poslovne interese. Po povratku u Virginiju 1877. služio je jedan mandat u Kongresu (1879-1881), a kasnije je bio povjerenik za željeznice u Cleveland administraciji. Kritičan prema svojim kolegama iz konfederacijskih generala, služio je kao palubar na Shermanovom sprovodu 19. veljače 1891. godine. Unatoč hladnom i kišovitom vremenu, odbio je nositi kapu u znak poštovanja prema svom palom protivniku i uhvaćenom pneumoniji. Nakon nekoliko tjedana borbe protiv bolesti, umro je 21. ožujka. Johnston je sahranjen na groblju Green Mount u Baltimoreu, dr. Med.