Vodene zajednice glavna su svjetska staništa vode. Kao kopneni biomi, vodene zajednice mogu se dijeliti i na temelju zajedničkih karakteristika. Dvije zajedničke oznake su slatkovodne i morske zajednice.
Slatkovodne zajednice
Rijeke i potoci su vodena tijela koja se neprekidno kreću u jednom smjeru. Obje se brzo mijenjaju zajednice. Izvor rijeke ili potoka se obično znatno razlikuje od mjesta na kojem se rijeka ili tok prazni. U tim slatkovodnim zajednicama može se naći raznolikost biljaka i životinja, uključujući pastrve, alge, cijanobakterije, gljivei, naravno, razne vrste riba.
estuariji područja su gdje se slatkovodni potoci ili rijeke susreću s oceanom. Ove visoko produktivne regije sadrže veoma raznolik biljni i životinjski svijet. Rijeka ili potok obično nosi mnogo hranjivih sastojaka iz unutrašnjih izvora, čineći estuarije sposobnim podržati ovu bogatu raznolikost i visoku produktivnost. Estuariji se hrane i uzgajaju razne životinje, uključujući i ptice vodopade, gmazovi, sisavci, i vodozemci.
Jezera i ribnjaci su vodena tijela. Mnogi potoci i rijeke završavaju u jezerima i barama. Fitoplankton se obično nalazi u gornjim slojevima. Budući da se svjetlost apsorbira samo do određene dubine, fotosinteza uobičajena je samo u gornjim slojevima. Jezera i ribnjaci također podržavaju razne biljne i životinjske živote, uključujući male ribe, slane kozice, vodene insekte i brojne biljne vrste.
Morske zajednice
oceani pokrivaju otprilike 70% zemljine površine. Morske zajednice je teško podijeliti na različite tipove, ali ih je moguće klasificirati na temelju stupnja prodiranja svjetlosti. Najjednostavnija klasifikacija sastoji se od dvije različite zone: the fotičkim i aphotic zone. Fotička zona je svjetlosna zona ili područje od površine vode do dubina na kojima je intenzitet svjetlosti samo oko 1 posto intenziteta na površini. U ovoj se zoni događa fotosinteza. Velika većina morskog života postoji u fotskoj zoni. Afotična zona je područje koje prima malo ili nimalo sunčeve svjetlosti. Okoliš u ovoj zoni je izuzetno mračan i hladan. Organizmi koji žive u afotskoj zoni često su bioluminescentni ili su ekstremofili i vješti u životu u ekstremnim okruženjima. Kao i kod ostalih zajednica, u oceanu živi niz organizama. Neki uključuju gljivice, spužve, morska zvijezda, morske anemone, ribe, rakovi, dinoflagelati, zelene alge, morski sisavcii divovske alge.