Uvjeti koji su zarobili vojnike Unije izdržali su u konfederaciji Zatvor Andersonville bili su grozni. Tijekom 18 mjeseci u kojima je zatvor bio u funkciji, umrlo je gotovo 13.000 vojnika Unije pothranjenosti, bolesti i izloženosti elementima zbog nečovečnog postupanja Andersonvilleovog zapovjednika Henry Wirz. Tako da zaista ne bi trebalo biti iznenađenje da je njegovo procesuiranje za ratne zločine nakon predaje Juga najpoznatije suđenje koje je proizašlo iz Građanski rat. Ali nije tako opće poznato da je bilo gotovo tisuću drugih vojnih progona konfederata. Mnogi od njih bili su posljedica maltretiranja zarobljenih vojnika Unije.
Henry Wirz
Henry Wirz preuzeo je zapovjedništvo nad Andersonville zatvorom 27. ožujka 1864., otprilike mjesec dana nakon što su tamo stigli prvi zatvorenici. Jedan od prvih postupaka Wirza bio je stvaranje područja zvanog mrtva linija, osmišljenog za povećanje sigurnosti držanjem zatvorenika daleko od zida. Svakog zatvorenika koji je prešao "mrtvu liniju" podliježu zatvorske straže. Za vrijeme Wirzove vladavine kao zapovjednika koristio je prijetnje kako bi zarobljenike držao u redu. Kad se činilo da prijetnje ne djeluju, Wirz je naredio straže da strijeljaju zatvorenike. U
Svibnja 1865, Wirz je uhićen u Andersonvilleu i transportiran u Washington DC. čekati suđenje. Wirzu se sudilo za urotu i / ili ubijanje zarobljenih vojnika nepropisno mu uskraćujući pristup hrani, medicinskim potrepštinama i odjeći. Optužen je i za ubojstvo zbog osobnog pogubljenja određenog broja zarobljenika.Otprilike 150 svjedoka svjedočilo je protiv Wirza na njegovom vojnom suđenju koje je trajalo od 23. kolovoza do 18. listopada 1865. godine. Nakon što je proglašen krivim za sve optužbe protiv njega, Wirz je osuđen na smrt i obješen 10. studenog 1865. godine.
James Duncan
James Duncan bio je još jedan časnik iz zatvora Andersonville koji je također uhićen. Duncan, koji je dodijeljen uredu upravitelja, osuđen je za ubistvo zbog namjernog uskraćivanja hrane zatvorenicima. Osuđen je na 15 godina teškog rada, ali je pobjegao nakon što je izdržao samo godinu dana kazne.
Champ Ferguson
Na početku građanskog rata, Champ Ferguson bio je zemljoradnik u Istočnom Tennesseeju. Stanovništvo ovog područja bilo je prilično podjeljeno između podrške Uniji i Konfederaciji. Ferguson je organizirao gerilsku četu koja je napadala i ubijala sindikalne simpatizere. Ferguson je djelovao i kao izviđač pukovnika Konjica iz Kentuckyja John Hunt Morgan, a Morgan je promaknuo Fergusona u čin kapetana partizanskih rendžera. Konfederacijski kongres donio je mjeru nazvanu Zakon o partizanskom rendžeru koja je omogućila regrutaciju ilegalca u službu. Treba napomenuti da je zbog nedostatka discipline među partizanskim rendžerima general Robert E. zavjetrina pozvao je Kongres Konfederacije na ukidanje Zakona u veljači 1864. godine. Nakon suđenja pred vojnim sudom, Ferguson je osuđen za ubojstvo više od 50 zarobljenih vojnika Unije. Pogubljen je vješanjem u listopadu 1865.
Robert Kennedy
Robert Kennedy bio je konfederacijski oficir koji su zarobile snage Unije i zatvoren je u vojnom zatvoru Johnson. Zatvor se nalazio u zaljevu Sandusky, koji se nalazi na obali jezera Erie, samo nekoliko milja od Sanduskyja u Ohiju. Kennedy je pobjegao s Johnsonovog otoka u listopadu 1864. godine, probijajući se u Kanadu - koja je zadržala neutralnost na obje strane. Kennedy se sastao s nekoliko časnika Konfederacije koji su Kanadu koristili kao početnu ploču za izvođenje ratnih akcija protiv Unije. Sudjelovao je u zavjeri za pokretanjem vatre u brojnim hotelima, kao i u muzeju i kazalištu u New Yorku, s namjerom da nadvlada lokalne vlasti. Svi su požari bili ugašeni brzo ili nisu napravili nikakvu štetu. Kennedy je bio jedini koji je zarobljen. Nakon suđenja pred vojnim sudom, Kennedy je pogubljen vješanjem u ožujku 1865. godine.