TAE pufer je otopina koju čine Tris baza, octena kiselina i EDTA (Tris-acetat-EDTA). Povijesno je najčešći pufer koji se koristi za gel agaroze elektroforeza u analizama DNK proizvoda koji proizlaze iz PCR pojačanje, DNA protokoli pročišćavanja ili Kloniranje DNK eksperimenti.
Taj pufer ima malu ionsku čvrstoću i nizak kapacitet puferiranja. Najprikladniji je za elektroforezu velikih (> 20 kilobaza) komada DNK i trebat će ih često mijenjati ili recirkulirati u duljem (> 4 sata) vremenu trajanja gela. Imajući to na umu, možda biste trebali razmotriti izradu nekoliko skupina međuspremnika.
S obzirom da je međuspremnik jednostavno napraviti i koraci se mogu brzo izvesti, izrada više od jedne serije ne bi trebala biti posebno dugotrajna ili teška. Pomoću donjih uputa potrebno je samo 30 minuta za izradu TAE međuspremnika.
Što vam treba za TAE međuspremnik
Budući da pravljenje TAE međuspremnika zahtijeva samo brz i jednostavan skup uputstava, broj potrebnih materijala za njega nije pretjeran. Trebat će vam samo EDTA (etilendiaminetetraoctena kiselina) dinatrijeva sol, Tris baza i ledena octena kiselina.
Izrada tampon također zahtijeva pH metar i standarde kalibracije, prema potrebi. Trebat će vam i čaše od 600 mililitara i 1500 mililitara, kao i diplomirane boce. Na kraju, trebat će vam deionizirana voda, miješalice i pločice za miješanje.
U sljedećim uputama težina formule (atomska masa svakog elementa množi se s brojem atoma, a zatim se masa svakog zbraja) skraćuje se kao FW.
Pripremite osnovno rješenje EDTA-e
EDTA rješenje je pripremljeno unaprijed. EDTA neće potpuno ući u otopinu dok se pH ne prilagodi na oko 8,0. Za zalihu od 500 mililitara otopine 0,5 M (molarnost ili koncentracija) EDTA, izvagati 93,05 grama dinatrijeve soli EDTA (FW = 372,2). Otopite ga u 400-mililitarskoj deioniziranoj vodi i podesite pH natrijevim hidroksidom (NaOH). Otopinu dolijte do konačnog volumena od 500 mililitara.
Stvorite svoje zalihe
Napravite koncentriranu (50x) osnovnu otopinu TAE vađenjem 242 grama Tris baze (FW = 121.14) i otopljenjem u otprilike 750 mililitara deionizirane vode. Pažljivo dodajte 57,1 mililitara ledene kiseline i 100 mililitara 0,5 M EDTA (pH 8,0).
Nakon toga, prilagodite otopinu na konačni volumen od 1 litre. Ova osnovna otopina može se čuvati na sobnoj temperaturi. PH ovog pufera nije podešen i trebao bi biti oko 8,5.
Pripremite radno rješenje TAE pufera
Radna otopina 1x TAE pufera izrađena je jednostavnim razrjeđivanjem osnovne otopine 50x u deioniziranoj vodi. Konačne koncentracije rastvora su 40 mM (milimolarni) tris-acetat i 1 mM EDTA. Pufer je sada spreman za upotrebu u trčanju gela od agaroze.
Završavati
Provjerite inventar prije nego što počnete provjeriti imate li sve gore navedene materijale za TAE međuspremnik. Vaše osoblje za opskrbu trebalo bi vam biti u mogućnosti da vam kaže imaju li na zalihi sve potrebne stvari. Ne želite završiti nešto što vam je usred postupka.